ב-14 במאי 1948 קמה מדינת ישראל והממשלה הזמנית הפכה לממשלתה החוקית של המדינה החדשה. חמישה שבועות לאחר מכן, ב-20 ביוני, פרצה פרשת אלטלנה. היה זה מבחן קבלת המרות הראשון של ישראל.
במהלך ארבעה ימים של עימות אלים נפלו 16 אנשי אצ''ל ושלושה חיילי צה''ל. לזכותו של
מנחם בגין, מפקד האצ''ל באותם ימים, זוקפים ובצדק את הוראתו למנוע מלחמת אחים; לזכותו של
דוד בן-גוריון, ראש הממשלה, צריך לזקוף את השמירה על ישראל כמדינה בה קיים שלטון מרכזי אחד, מדינה אשר שמה קץ לקיומם של תנועות פורשים אשר אינם סרים למרות הממשלה.
באמצע יוני 1948 עמדה להגיע ה''אלטלנה'' – אניית האצ''ל אשר הביאה קרוב לאלף עולים וכן כמויות ניכרות של אמצעי לחימה. עיתוי בואה של האוניה נפל בעיצומה של ההפוגה הראשונה שבמהלך המלחמה, כאשר כללי הפסקת-האש אסרו הכנסת נשק וציוד לחימה מן החוץ. וכך, בעקבות ההסכם שבין ישראל גלילי למנחם בגין, בו הוחלט על פירוק האצ''ל וצירוף לוחמיו לצה''ל, נקבע גם כי האנייה תפרוק העולים והציוד בחוף רחוק מן העין, סמוך לכפר-ויתקין. והנשק יועמד כולו לרשות צה''ל.
בניגוד להסכם זה, הגיעו למקום הפריקה מאות אנשי אצ''ל בתביעה לקבל לידיהם את הנשק ולהעמידו לרשותם הבלעדית. למחרת, ב-21 ביוני, קיבלה הממשלה החלטה המורה לצה''ל שלא להתיר לאצ''ל ליטול את הנשק שבאוניה, ואם לא יקבלו את הדין – למנוע זאת גם בכוח.
פיקוד אצ''ל באוניה ובחוף סרבו לקבל הדין, והאוניה יצאה מחוף כפר-ויתקין לעבר תל-אביב. היא נחתה בחוף מול רחוב פרישמן ומטה הפלמ''ח אשר שכן במלון ריץ' הסמוך. מאות אנשי אצ''ל כתרו את מטה הפלמ''ח. התפתחו במקום חילופי יריות ואחד מאנשי הפלמ''ח שבמטה נהרג מן האש.
יגאל אלון, מפקד כוחות צה''ל במקום, הציב סוללת תותחים אל מול ה''אלטלנה''. לאנייה נמסר אולטימאטום, אשר לא זכה לתשובה. מפקד הסוללה קיבל הוראה לירות ירי התראה. הפגז הראשון נפל כ- 500 מטר מן האוניה, אולם הירי מן האונייה נמשך. כך נורו לעבר ה''אלטלנה'' עוד מספר פגזים אך הירי ממנה לא פסק. ואז נורה פגז תותח אשר פגע בסיפון האוניה, והירי נפסק.
המאבק בין אנשי האצ''ל ולוחמי צה''ל נמשך עוד יומיים. זירת המערכה הייתה סביב האוניה בחוף תל-אביב, סביב מטה הפלמ''ח, ובבנין הוועד הפועל של ההסתדרות שברחוב אלנבי.
במטרה להביא לסיום המאבק תכננו מפקדי צה''ל לכבוש את מפקדת האצ''ל שבדרום תל-אביב, אולם פעולה זו נתבטלה לאחר שאצ''ל נאות למסור לצה''ל את ה''אלטלנה'' ואת כל הנשק שהיה מצוי בה,
מדינת ישראל עמדה באותם ארבעה ימים במבחנה הראשון בו נדרשה לקיים שלטון מרכזי, לתבוע מרות מוחלטת מכל חלקי העם ולשים קץ לתופעת ארגוני הפורשים, ארגונים אשר לא סרו למרות המוסדות הלאומיים של היישוב היהודי בתקופת המנדט הבריטי, במשך תריסר שנים עד קום המדינה.
תשעה עשר לוחמים משני הצדדים נפלו במערכה זו. היה זה מחיר יקר וכואב בדרך לכינונו של שלטון חוקי, חזק ומרכזי אשר הציל את המדינה ושחררה מעידן של פרישה ופלגנות.